Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos / Characterization of Cuban strains of HIV-1 by bioassays and bio-information methods

Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga

By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The assays used in the study allowed us to characterize the isolated strains and to relate the phenotype to the infection course, thus, we considered that using biological assays or bio-information methods it is possible to conduct characterization studies, its usefulness depends on the pursued objectives

Caracterización biológica de aislamientos de VIH-1 en pacientes con una evolución clínica rápida

Se estudiaron las características biológicas de 11 cepas de VIH-1 aisladas de pacientes con rápida evolución clínica al sida. Los aislados virales se clasificaron según su cinética de replicación y tropimo celular, con estos criterios se observó que 8 de las cepas aisladas (72,7 %) resultaron de crecimiento rápido alto o lento bajo 3 y con tropismo preferencial a la estirpe linfocítica, como corresponde a los pacientes con sida, mientras 3 (27,3 %) tuvieron características de lenta baja 1. La citopatogenicidad de las cepas se estudió en la línea celular MT4 y se observó que la mayoría (72,7 %) resultó inductora de sincicios (IS), por lo que se comprobó relación in vivo e in vitro de las propiedades biológicas, no ocurrió así en 3 de los cultivos (27,3 %) que se comportaron como no inductores de sincicios.

The biological characteristics of 11 HIV-1 strains isolated from patients with a fast clinical evolution to AIDS were studied. The viral isolates were classified according to their replication kinetics and cell tropism. Taking into account these criteria, it was observed that 8 of the isolated strains (72,7 %) were of rapid high growth (RH) or slow low 3 (SL3) with preferential tropism to the lymphocytic stock, as it corresponds to AIDS patients. 3 (27,3 %) had characteristics of slow low 1 (SL1). The cytopatogenecity of the strains was studied in the MT4 celular line, and it was observed that most of them (72,7 %) were syncytium-inducing strains (SI), which allowed to prove the in vivo and in vitro relation of the biological properties. It was not so in 3 of the cultures (27,3 %) that behaved as non-syncytium inducers.